La naissance de cette maison en 1875 est intimement liée à la personnalité d’Ernest Flammarion, frère de l’astronome Camille Flammarion : Ernest publiera les essais et albums de son frère destinés au grand-public, lesquels deviendront de véritables succès d’édition à la fin du XIXe siècle.
En 1876, Ernest s’associe au libraire parisien Charles Marpon (mort en 1890) pour former « Charles Marpon et Ernest Flammarion » : ils publient une traduction de 29 poèmes titrés rédigés en allemand et intitulée Les Nibelungen par le baron Émile de Laveleye et rachètent ensuite le fonds de la Librairie internationale A. Lacroix, Verboeckhoven et Cie (Bruxelles) au catalogue de laquelle figurent Victor Hugo, Émile Zola et Jules Michelet.
L’un des premiers succès est l’édition illustrée de L’Assommoir (1878), qu’ils cofinanceront avec la Librairie Charpentier. Avec les bénéfices, ils publient l’impressionnant album L’Astronomie populaire de Camille Flammarion (1879) qui donne un peu la ligne éditoriale des vingt années suivantes : prédilection pour les domaines scientifiques mis à la portée de tous et les livres pratiques. Ainsi, deux collections, Ouvrages utiles (1887) et Bibliothèque Flammarion (1890) s’ouvrent à l’Histoire, l’Anthropologie, la Botanique.
Le livre de l’antisémite Édouard Drumont, (La France Juive, 1886) rencontre un succès considérable avec 62 000 exemplaires vendus la première année. Véritable « best-seller de la fin du XIXe siècle » selon les termes de Léon Poliakov, il est republié en 1888 dans une version populaire résumée en un volume et connaît 200 rééditions au total jusqu’en 1914.
La fiction n’est pas en reste avec la collection Auteurs célèbres (1889) et la publication de nouveautés parmi lesquelles les ouvrages d’Hector Malot qui figurèrent longtemps en tête des ventes, et la publication de récits de voyages authentiques (Jean-Baptiste Charcot, Frederick Cook, etc.). En 1902, transfuge des célèbres éditions Félix Alcan, Gustave Le Bon se voit confier La Bibliothèque de Philosophie scientifique. La même année, Flammarion innove en lançant une collection de romans populaires en format poche et couverture illustrée couleur à 0.95 centime.
Entre 1905 et 1925, Flammarion connaît de vifs succès avec des romanciers comme Victor Margueritte, Maurice Genevoix, Henri Barbusse, Colette, parfois couronnés de prix littéraires. En 1914, les Frères Fischer lancent Select-Collection. En 1922 est lancée la collection Bibliothèque des connaissances médicales qui deviendra bien plus tard Flammarion Médecine. En 1930, les fameux albums du Père Castor commencent à paraître, inaugurant un marché très porteur, celui de la jeunesse. Durant l’Occupation, Charles et Armand Flammarion se compromettent : ils seront sanctionnés en 1945 par la Commission interprofessionnelle d’épuration de l’Édition.
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